率部奔赴龙都的过程中，也是代善梳理麾下兵马的过程，作为大金真正的核心，八旗永远是绕不过去的环节。
伴随着努尔哈赤的身死，两黄旗从这一刻算起已经是无主之旗，虽然说在这过程中有悍将不服，但是代善他也不是善茬，他与懂得隐忍的黄台吉有着天地之别，对待那些不服的将领，使用的手段也是最为暴虐的！
说到底老汗王已经死了，现在不管你们心中是怎么想的，都必须无条件服从本汗王的汗令！
于是乎在整治的过程中，其顺利执掌了两黄旗，并且按照索尼的谏言，明确汗王统辖的兵马尊崇，于是乎上三旗就以这样的方式出现了。
不过和历史上不同的是，正白旗此番并未当选，正黄旗、镶黄旗、正红旗统属上三旗，等级相同。
同时为了笼络大金内部人心，代善便封下了十和硕贝勒，十二固山贝子。
和硕贝勒依次为：莽古尔泰、岳托、济尔哈朗、阿拜、豪格、阿济格、汤古代、塔拜、阿巴泰、巴布泰。
固山贝子依次为：德格类、巴步海、硕托、赖慕布、拜音图、图伦、寨桑武、费扬武、达尔察、务达海、国欢、尼堪。
因为莽古尔泰已经率领正蓝旗留下了，为了明确八旗之规模，在此之外，有成立一部正蓝旗。
为真正掌握大金局势，代善也调动了一系列任命，真正敲定了诸旗名单。
代善掌两黄旗、正红旗，岳托为镶红旗旗主，济尔哈朗为正蓝旗旗主，阿拜为镶蓝旗旗主，豪格为正白旗旗主，阿济格为镶白旗旗主。
汤古代为草原正黄旗，塔拜为草原镶黄旗，阿巴泰为草原正红旗，巴布泰为草原镶红旗，拜音图为草原正蓝旗，图伦为草原镶蓝旗，寨桑武为草原正白旗，费扬武为草原镶白旗。
德格类为汉军正黄旗，巴步海汉军镶黄旗，硕托为汉军正红旗，赖慕布为汉军镶红旗，达尔察为汉军正蓝旗，务达海为汉军镶蓝旗，国欢为汉军正白旗，尼堪为汉军镶白旗。
明确这样的名单，一方面提升了一些旁系爱新觉罗子弟的地位，诸如拜音图、图伦、寨桑武、费扬武他们的地位，这样会让他们绝对忠诚于自己。
同时也树立了矛盾点，诸如年轻的阿济格，豪格依旧为八旗旗主，甚至于还被封为了和硕贝勒，这让那些年龄大的汤古代、塔拜、阿巴泰他们心里很不爽啊。
因为他们从前没有得到过这些，这在代善当上汗王以后，得到了应有的尊崇，这也就使得他们心中
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