对手妖族已经渐渐衰败，原本力量薄弱的人族凭借着惊人的学习、创造能力与快速的繁殖速度等优势一举成为地上最兴盛的种族。对于弱小的人类，蚩尤自是不放在眼中，当即发动了大规模的战争。与妖族的群龙无首，各自为政不同，魔神一族经过这些年来的休养生息，又得蚩尤统领，实力虽然不说尽复旧观，但凝聚力却是空前，比当年十个首领时要团结得多。
魔神族力量强大，人类尽管人数上占优，但毕竟实力悬殊，果然不敌，节节败退。此时天庭见此事态，纷纷派出仙人下凡来，相助人族。应龙和女魃就是因贬而下界的例子，其余的仙人虽然不似他们那样，加入轩辕黄帝的军中，但也往往在关键时刻暗中出手相助。就连人教圣人老子都亲自出马，假托广成子之名，传授轩辕黄帝太清仙诀，又指引他得到先天至宝乾坤鼎。九天玄女甚至不惜委身黄帝，传授其房中双修术与奇门遁甲，黄帝本身也是极具灵姓之人，修为进境一曰千里，还制造出了诸如指南车等奇巧之器。
而瑶池金母手段更加阴险，派出座下仙娥，色诱蚩尤的八十一个本族兄弟，挑起矛盾，破坏团结，并配合毒术、咒术与暗杀，不断折损魔神族的精英。蚩尤在风伯和雨师的提醒、协助下，停下战争，开始了内部整顿，清理了歼细与有异心之人。
轩辕黄帝因此而获得了宝贵的休养生息的机会，并依照仙人的指点，捕杀了夔牛和雷兽，制作出压制蚩尤力量的夔鼓与雷锤。最终在涿鹿决战中，集所有了所有外力帮助的轩辕黄帝终于大败蚩尤与魔神族。蚩尤本人被黄帝以震天弓、穿云箭所伤，力量被乾坤鼎吸摄，最终死在了轩辕剑下，身体也被肢解镇压。
轩辕黄帝大败蚩尤后，结合太清仙诀与房中双修术，创出黄帝心经，通过所吸取的四灵之气，领悟玄仙之境，又获得了平定魔神族拯救大地苍生的大功德，因此成为圣皇之“位”，与伏羲、神农并称三皇。
这种圣皇位之力的姓质，与天帝是对等的，不受其节制。这也使得昊天上帝利用人界帝王来控制人族乃至地面的最大意图落空，昊天上帝恼羞成怒，迁怒于魔神一族，以清剿余孽为由，派出仙人下界，要将魔神族彻底灭绝。
其实，魔神一族中也不乏共工思想的继承者和支持者，他们并不喜好战争，许多是大势所趋顺从蚩尤，甚至有些根本没有参与蚩尤的大军，却因此而遭遇惨祸。刑天就是共工的嫡系族人之一，虽然勇猛而拥有不亚于蚩尤的力量，却信奉共工的“民族融合”理论，不同样蚩尤那种独霸天下，以万物为奴的
。。