袁崇焕宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。
袁崇焕召他的部将来说：“毛文龙这样的罪状，该不该杀他？”
大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？
中间有称道毛文龙坚守皮岛数年，没有功劳也有苦劳的，袁崇焕训斥说：“毛文龙本是一个平民百姓罢了，官做得高了，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”
接着就磕头请求皇帝的旨意说：“我今天杀毛文龙以整顿军纪，将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们，我不能成功的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。”
于是取下尚方宝剑在帐前把毛文龙的头砍了下来，出来告诉他的将士们说：“只杀毛文龙一个人，其他人都没有罪。”
杀死毛文龙后，袁崇焕对皮岛的将士进行了仔细的清查。
经清查，这里实际的兵士只有两万八千人，也就是说，毛文龙这八年来，一直领的是八倍的粮饷。
这两万八千人当中，投诚于袁崇焕的只有一万四千余人，其余人尽皆出逃。
在毛文龙的肆意妄为下，皮岛的军队已经成为了独立于明朝之外的割据势力。
如果袁崇焕不杀他，有朝一日毛文龙必将成为朝廷的心腹大患。
袁崇焕斩了毛文龙之后，命人用棺材埋了毛文龙。
第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“昨天杀你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情。”
并为毛文龙落下了泪。
接着分拨毛文龙的士兵为四协，任用毛文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。
收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。
又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了毛文龙的苛政。
回到镇上以后，袁崇焕把毛文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“毛文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”
“毛文龙确实该杀，但不应该是袁崇焕杀他，应该由朕来杀他，袁崇焕替朕做了决断，他是想干什么呢？”
崇祯听完王承恩的陈述，自言自语道。
崇祯开始质疑袁崇焕了，奇怪是的崇祯没有质疑王则之。
其实，崇祯没有质疑王则之是有原因的，王则之没有杀大同府四州七县的官员，也没有杀那些恶绅奸商。
他把那些人送给宋
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