受到破坏，完整地保留了下来。
但是由于城池过大，不利于防守，于是徐达决定将北城墙向南移2.8公里，放弃城北的城市建设预留用地。
同时用城砖将城墙外侧包砌起来，以提高其防守能力。
1370年，明太祖朱元璋封四子朱棣为燕王，就藩于北平。
1379年燕王府竣工，1380年朱棣之国。
1398年，朱允炆继位，是为明惠帝，改元建文。
1399年（建文元年）四月开始削藩，史称“建文削藩”。
1399年，朱棣发动靖难之役，于1402年夺得帝位，是为明成祖，于1403年改北平为北京，简称京，又称京城。
1406年（永乐四年），开始筹划迁都北京，并在燕王府基址上营建西内。
次年西内落成。
1409年在昌平天寿山营建寿陵。
1416年（永乐十四年）起，开始摹仿南京故宫营建北京宫殿。
1420年，建成紫禁城宫殿、太庙、太社稷、万岁山、太液池、十王府、皇太孙府、五府六部衙门、钟鼓楼，同时将南城墙南移0.8公里，以修建皇城。
1421年（永乐十九年)正式迁都北京。此后又在北京南郊修建了天地坛和山川先农坛。
1436年至1445年，明英宗又对北京城进行了第二次增建，主要工程包括：将城墙内侧用砖包砌；开挖太液池南海；建九门城楼、瓮城和箭楼；城池四角建角楼；城门外各立牌坊一座；护城河上的木桥全部改为石桥，桥下设水闸，河岸用砖石建造驳岸。
整修之后的京城周长45里，形成了极其坚固的城防体系。在京城远郊建设了皇陵以及昌平城、拱极城和内长城等防御设施。
京城建成后，曾多次面临蒙古瓦剌部的入侵，1476年（成化十二年）提出在京城外加筑外城的建议。
1550年（嘉靖二十九年）开始修筑前三门外的关厢城（三座独立于城门之外的小城），但由于需要拆毁的店铺民房甚多，民情汹惧，工程不久即停止。1553年（嘉靖三十二年）又决定利用元大都土城遗址，四面环绕修筑京城外郭城。
最初规划的外城长七十里，东西十七里，南北十八里，设城门十一座、敌台一百七十六座，西直门外和通惠河设置水闸两处，其他低洼地带设置水关八处。
由于工期浩大，在严嵩的建议下改为先修筑南面，将正阳门
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