忠贤又假传圣旨给九门的宦官，若孙承宗到了齐化门，就将他绑了。
孙承宗到达通州后，接到朱由校的旨意，只好返回辽东，魏忠贤又让党羽李蕃、崔呈秀、徐大化上书诋毁孙承宗。
孙承宗于是请求罢官。
后来明熹宗朱由校驾崩，其弟明思宗朱由检即位，王在晋得以入朝为兵部尚书。
王在晋对孙承宗痛恨不已，坚持说马世龙和茅元仪迷惑中枢，败坏了边关事，又唆使谏官等交口诋毁孙承宗，来阻止他出来做官。
极力诋毁孙承宗以及马世龙，阻拦孙承宗的出仕。
孙承宗自辨，告诉户部说，他上任之后发现先前关上的士兵没有纪律，而且有大量的不符合条件的人冒领军饷，于是他裁剪军队六万七千人，为朝廷节省了六十八万两白银的开支。
崇祯上位正是缺钱的时候，因此并没有怪罪孙承宗。
反而王在晋因为过度抨击孙承宗，被削籍归乡。
“臣附议。”
“臣等附议。”
......
廷臣争相附议请召孙承宗。
崇祯乃诏承宗以原官兼兵部尚书，及召对，命承宗保护京师。
孙承宗入宫后，朱由检在平台召见，问孙承宗的退敌策略。
孙承宗说：“臣听闻，袁崇焕驻守宁远，满桂待命军府，侯世禄驻守三河，这是防守的好策略。”
朱由检问：“你认为满桂可用？”
孙承宗说：“此人骁勇善战可用。”
崇祯想了想说道：“大同总兵一职，空置良久，朕就任满桂为大同总兵。”
满桂（1594年—1630年），汉族，宣府人，（也有说是从关外来的蒙古人只是满桂自己不承认罢了），祖籍山东兖州府峄县（今枣庄市）。
满桂从小练习骑射，入伍后以军功先后任总旗、百户、守备。
天启二年（1622年），大学士孙承宗出任边帅，满桂进去拜见，孙承宗看到他相貌威武，和他谈论军事，对他格外称赞。
等孙承宗出来镇守山海关时，就提拔满桂担任副总兵，负责中军的事务，孙承宗幕下，文武官员来进见的很多，孙承宗却单单任用满桂。
满桂性格很粗鲁，但是为人忠诚勇敢，不同一般，不好声色，能够和士卒同甘共苦。
天启三年（1623年），孙承宗打算出关修复宁远城，询问那位将领可以前去驻守。
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